Setelah Peraturan Pemerintah Nomor 18 tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, Pemerintah Kota Bitung membentuk 6 Badan yang mengelola pelayanan kepada masyarakat

BADAN PERENCANAAN DAERAH

BADAN PENGELOLA KEUANGAN DAN ASET DAERAH

BADAN KEPEGAWAIAN, PENDIDIKAN DAN PELATIHAN DAERAH

BADAN PENGELOLA PAJAK DAN RETRIBUSI DAERAH

BADAN PENANGGULANGAN BENCANA DAERAH

BADAN KESATUAN BANGSA DAN POLITIK